Gospodarka leśna na tych terenach prowadzona była jednak setki lat wcześniej. Jak informują pierwsze wzmianki z tych terenów lasy rosnące na obszarze obecnego nadleśnictwa to przede wszystkim drzewostany liściaste w południowej i wschodniej części reprezentowane głównie przez lasy grądowe. Ostatnie fragmenty tych drzewostanów zostały wycięte w połowie XIX wieku z okolic miejscowości Grabiny – Zameczek (teren Żuław), przez co tereny te do dzisiaj posiadają charakter praktycznie bezleśny. Drzewostan grądowy zbliżony do naturalnego zauważyć możemy dzisiaj praktycznie tylko w leśnictwie Trąbki na terenie nowo utworzonego rezerwatu o charakterze leśnym „Dolina Rzeki Kłodawy".

Od roku 1772 tereny obecnego Nadleśnictwa przeszły w wyniku rozbiorów pod administracje pruską. W wyniku dewastacyjnych cięć tzw. „czystych" prowadzonych bez ładu przestrzennego i nawrotów doprowadzono do powstania litych drzewostanów głównie iglastych: sosnowo – świerkowych. Zręby częściowe głównie w drzewostanach bukowych prowadzone były nieudolnie. Efektem tych zdarzeń było niekontrolowane wprowadzenie w tym okresie gatunków lekkonasiennych głównie brzozy. Tak polityka leśna trwała aż do końca I wojny światowej.

Po jej zakończeniu większość terenów obecnego nadleśnictwa została włączona w granice Wolnego Miasta Gdańsk z pozostałej części utworzono natomiast Nadleśnictwo Owczarnia (1921), którego nazwę zmieniono w latach trzydziestych na Nadleśnictwo Wysoka.

Polityka wobec lasów szczególnie na terenie Wolnego Miasta Gdańsk nie uległa jednak większym zmianom. Z chęci uzyskania szybkiego efektu finansowego większość drzewostanów zagospodarowywana była zrębami zupełnymi, a do odnowień używano głównie świerki często niewiadomego pochodzenia. Skutki tych prac odczuwalne są w nadleśnictwie do dzisiaj.

Po wyzwoleniu w roku 1945 całość terenów nadleśnictwa wróciła do Polski, a obszary leśne włączono do trzech nadleśnictw: Jodłowna, Skrzeszewa oraz Sobowidza. Prowadzona w tych nadleśnictwach gospodarka opierała się na dwóch gospodarstwach: sosnowym ze 100 letnią koleją rębności dla sosny (zręby zupełne) i dębowo – bukowo – sosnowe z zastosowaniem głównie rębni częściowej.

Od 1973 do 1977 roku w skład Nadleśnictwa Skrzeszewo jako obręb zostaje włączone byłe samodzielne Nadleśnictwo Wieżyca.

Po reorganizacji w 1977 roku powstaje Nadleśnictwo Kolbudy z siedzibą w Kolbudach składające się początkowo z osiemnastu leśnictw.